Es usual que el requerimiento diario de magnesio no se pueda cubrir completamente a través de la alimentación. Debido al estrés de la vida cotidiana actual, cada vez más personas se inclinan por la comida chatarra, los productos acabados o los alimentos con un alto grado de procesamiento industrial, los cuales solo presentan un contenido reducido de vitaminas y minerales.

Existen también distintos medicamentos, como los inhibidores de la bomba de protones (omeprazol o pantoprazol) o los antibióticos, que reducen la captación de magnesio en el cuerpo. Los estrógenos (hormonas sexuales femeninas presentes en las píldoras anticonceptivas) pueden asimismo reducir el nivel de magnesio en sangre.

El déficit de magnesio también puede surgir por una excreción mucho mayor, por ejemplo a través de la transpiración o de la orina. De esta manera, las personas que practican deportes pierden una mayor cantidad de magnesio, y la pérdida se acrecienta aún más con temperaturas altas o en deportes de resistencia. También el consumo de determinados medicamentos, como por ejemplo los diuréticos, la insulina, la cortisona, los glucósidos cardíacos o los laxantes, pueden agravar la pérdida de magnesio a través de una mayor excreción en la orina.

Asimismo, puede que la deficiencia de magnesio sea causada por una patología, como por ejemplo las inflamaciones intestinales crónicas, la celiaquía, la diabetes, las enfermedades de la tiroides o de los riñones y las cardiopatías.